Protesty rozpoznawane są dwustopniowo. W pierwszej kolejności Sąd Najwyższy w składzie trzech sędziów, w odniesieniu do protestu spełniającego wymagania przewidziane w Ordynacji wyborczej do Parlamentu Europejskiego, wydaje opinię co do zarzutów protestu, a w razie stwierdzenia ich zasadności - co do wpływu naruszenia prawa na wynik wyborów (art. 137 ust. 1 i 2 Ordynacji wyborczej do Parlamentu Europejskiego).

Następnie Sąd Najwyższy w składzie całej Izby Pracy, Ubezpieczeń Społecznych i Spraw Publicznych rozpatruje protesty na podstawie opinii wydanych przez składy trzyosobowe (art. 139 ust. 1 Ordynacji wyborczej do Parlamentu Europejskiego). W terminie 90 dni od dnia wyborów, na posiedzeniu z udziałem Prokuratora Generalnego i Przewodniczącego Państwowej Komisji Wyborczej może podjąć uchwałę o nieważności wyborów lub o nieważności wyboru posła (art. 139 ust. 2 w związku z art. 134 ust. 2 Ordynacji wyborczej do Parlamentu Europejskiego).

Blisko połowa protestów uznanych za nieuzasadnione, bo aż 10 z nich, została złożona przez osoby zarzucające naruszenie praw osób niewidomych przez niezapewnienie im tajności głosowania. Wyborcy ci nie są bowiem w stanie zaznaczyć na karcie do głosowania wybranego kandydata bez pomocy innej osoby. Zdaniem wnoszących protesty doszło w ten sposób do naruszenia przepisów o tajności głosowania, czyli w szczególności art. 2 ust. 1 Ordynacji wyborczej do Parlamentu Europejskiego, zaś pośrednio do pozbawienia ich prawa głosowania. Zarzucili także naruszenie zasady równości wynikającej z art. 32 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej. Uznając bezzasadność tych protestów Sąd Najwyższy stwierdził, że osoby niewidome nie są pozbawione prawa głosowania. Na mocy art. 109 Ordynacji wyborczej do Parlamentu Europejskiego w wyborach stosuje się bowiem niektóre przepisy ustawy z dnia 12 kwietnia 2001 r. - Ordynacja wyborcza do Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej i do Senatu Rzeczypospolitej Polskiej (Dz. U. z 2007 r. Nr 190, poz. 1360, ze zm.), w tym art. 69, przewidujący możliwość udzielenia osobie niepełnosprawnej pomocy w głosowaniu przez inną osobę. Natomiast kwestię takiego zorganizowania głosowania, aby osoba niewidoma mogła samodzielnie oddać głos, można rozważać jedynie w płaszczyźnie postulatu wobec ustawodawcy.

W czterech protestach wyborcy zarzucili, że obwodowe komisje wyborcze błędnie ustaliły wyniki głosowania, albowiem kandydat na posła, na którego każdy z nich głosował, według protokołów wyników głosowania otrzymał zero głosów. Uznając te protesty za bezzasadne, Sąd Najwyższy podniósł, że wnoszący je nie sformułowali żadnych konkretnych zarzutów wobec pracy komisji obwodowych ani też nie przedstawili dowodów, że głosowali na konkretnego kandydata. Nie jest możliwa weryfikacja ich twierdzeń przez ponowne obliczenie głosów, gdyż nie można dokonać identyfikacji kart do głosowania z uwagi na ich anonimowość. Nie można wykluczyć, że oddali głosy nieważne lub głosowali na innego kandydata.

W trzech protestach zarzucono naruszenie Ordynacji wyborczej do Parlamentu Europejskiego polegające na wyborze 50 posłów zamiast 54, jak stanowi jej art. 3 ust. 1. Zarzut ten jest bezzasadny, gdyż liczba 50 posłów została określona w umowie międzynarodowej, która na mocy art. 91 ust. 3 Konstytucji ma pierwszeństwo w stosowaniu przed ustawą. Zgodnie bowiem z art. 190 ust. 2 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską (Dz. U. z 2004 r. Nr 90, poz. 864, ze zm.), zmienionego przez art. 9 ust. 2 Aktu dotyczącego warunków przystąpienia Republiki Bułgarii i Rumunii oraz dostosowań w Traktatach stanowiących podstawę Unii Europejskiej (Dz. U. z 2007 r. Nr 122, poz. 843) w Polsce, z mocą od początku kadencji 2009-2014, wybieranych jest 50 posłów do Parlamentu Europejskiego.

Bezzasadność pięciu pozostałych protestów wynikała z błędnego rozumienia prawa przez wyborców lub niestwierdzenia przez Sąd Najwyższy zarzucanych naruszeń Ordynacji wyborczej do Parlamentu Europejskiego.

Zdaniem Przewodniczącego Państwowej Komisji Wyborczej brak jest przesłanek do stwierdzenia nieważności wyborów do Parlamentu Europejskiego.

stwierdza, że

brak jest podstaw do podjęcia uchwały o nieważności wyborów oraz o nieważności wyboru posłów do Parlamentu Europejskiego, których wyniki zostały ogłoszone w obwieszczeniu Państwowej Komisji Wyborczej z dnia 8 czerwca 2009 r. o wynikach wyborów posłów do Parlamentu Europejskiego przeprowadzonych w dniu 7 czerwca 2009 r. (Dz. U. Nr 88, poz. 729).