Wymieniona dokumentacja obejmowała w szczególności "Zasady rachunkowości NFZ", które regulowały następujące obszary tematyczne:

1) przyjęte przez Jednostkę podstawowe zasady prowadzenia ksiąg rachunkowych,

2) wykaz kont księgi głównej wraz z wykazem obligatoryjnych kont pomocniczych,

3) zasady ujmowania zdarzeń w księgach rachunkowych,

4) wykaz rocznych stawek amortyzacyjnych,

5) opis systemu informatycznego przetwarzania danych,

6) terminy przyjęte do szacowania przychodów należnych za miesiąc kalendarzowy ze składek na ubezpieczenie zdrowotne oraz terminy sporządzania zestawień obrotów i sald kont księgi głównej,

7) system ochrony danych i ich zbiorów,

8) zasady rachunkowości dotyczące programu lub projektu finansowanego ze środków pieniężnych pochodzących z budżetu Unii Europejskiej (UE) lub Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA), zakładającego całkowite pokrycie wydatków kwalifikowanych,

9) zasady rachunkowości dotyczące programu lub projektu finansowanego ze środków pieniężnych pochodzących z budżetu Unii Europejskiej (UE) lub Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA), zakładającego częściowe pokrycie wydatków kwalifikowanych.

1) środki trwałe oraz wartości niematerialne i prawne - według ceny nabycia lub kosztów wytworzenia, pomniejszonych o odpisy umorzeniowe, a także odpisy z tytułu trwałej utraty wartości,

2) środki trwałe w budowie - w wysokości ogółu kosztów pozostających w bezpośrednim związku z ich nabyciem lub wytworzeniem, pomniejszonych o odpisy z tytułu trwałej utraty wartości,

3) inwestycje długoterminowe w nieruchomości oraz wartości niematerialne i prawne - według ceny nabycia pomniejszonej o odpisy z tytułu trwałej utraty wartości,

4) rzeczowe składniki aktywów obrotowych - według cen nabycia lub kosztów wytworzenia nie wyższych od cen ich sprzedaży netto,

5) należności i udzielone pożyczki - w kwocie wymaganej zapłaty, z zachowaniem ostrożności,

6) zobowiązania - w kwocie wymaganej zapłaty,

7) rezerwy - w uzasadnionej, wiarygodnie oszacowanej wartości,

8) fundusze własne oraz pozostałe aktywa i pasywa - w wartości nominalnej.

Amortyzacja (umorzenie) środków trwałych dokonywana była na zasadzie planowego, systematycznego rozłożenia ich wartości początkowej na ustalony okres amortyzacji. Rozpoczęcie amortyzacji (umorzeń) następowało od miesiąca następującego po przyjęciu środka trwałego do użytkowania, a zakończenie nie później niż z chwilą zrównania wartości umorzeń (amortyzacji) z wartością początkową danego środka trwałego lub przeznaczenia go do sprzedaży, likwidacji bądź stwierdzenia niedoboru, z ewentualnym uwzględnieniem przewidzianej przy likwidacji ceny sprzedaży netto pozostałości środka trwałego. Środki trwałe Jednostka amortyzowała (umarzała) metodą liniową, zgodnie z "Wykazem rocznych stawek amortyzacyjnych", z tym że:

1) wartość materiałów nie objętych ewidencją wartościową na kontach zespołu 3 "Materiały i towary" była odpisywana w koszty zużycia materiałów na dzień ich zakupu; na koniec roku obrotowego ustalano stan tych materiałów w magazynie, dokonywano ich wyceny i korekty kosztów o wartość tego stanu; wymienionych czynności nie przeprowadzano jednak w stosunku do materiałów wydanych do zużycia, a nie zużytych do końca roku, w szczególności paliwa samochodowego;

2) wycena zapasu i rozchodu materiałów objętych ewidencją magazynową wydawanych ubezpieczonym lub świadczeniodawcom dokonywana była na koniec roku obrotowego,

3) nie tworzono rezerw na świadczenia pracownicze wynikające z kodeksu pracy oraz zakładowego układu zbiorowego pracy; świadczenia te w całości obciążały koszty roku, którego dotyczyły,

4) roczne stawki amortyzacyjne środków trwałych - za wyjątkiem prawa użytkowania wieczystego gruntów - oraz wartości niematerialnych i prawnych, były zbieżne ze stawkami ustalonymi w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych,

5) wycena zobowiązań w walutach obcych powstałych na skutek rozliczeń formularzy E 125 / E 127 lub odpowiednich dokumentów SED, zgodnie z przepisami o koordynacji, wobec państw członkowskich Unii Europejskiej (UE) lub Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA) - dokonywana była według dziennego kursu referencyjnego ogłaszanego przez Europejski Bank Centralny (EBC) w dniu przeprowadzenia operacji, czyli dniu wystawienia właściwego dowodu księgowego, a w szczególności faktury, rachunku lub zewnętrznej noty księgowej; w przypadku dni, w których EBC nie ogłaszał kursu, zastosowanie miał ostatnio ogłoszony kurs; korekta wyceny zobowiązań powstałych w walutach obcych dokonywana była po kursie pierwotnie zastosowanym,

6) wartość zobowiązań w walutach obcych powstałych na skutek rozliczeń formularza E 126 lub odpowiednich dokumentów SED, zgodnie z przepisami o koordynacji, wobec osób ubezpieczonych w związku z ich pobytem w państwie członkowskim Unii Europejskiej (UE) lub Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA) przeliczana była na walutę polską według dziennego kursu referencyjnego ogłaszanego przez Europejski Bank Centralny (EBC) - w dniu doręczenia do jednostki odpowiedzi z instytucji miejsca pobytu z kwotą określoną w części B formularza E 126 lub odpowiedniego dokumentu SED, a w przypadku Królestwa Hiszpanii - na dzień doręczenia do jednostki wniosku od ubezpieczonego; w przypadku dni, w których EBC nie ogłaszał kursu, zastosowanie miał ostatnio ogłoszony kurs; korekta wyceny zobowiązań powstałych w walutach obcych dokonywana była po kursie pierwotnie zastosowanym,

7) korekty finansowe rozliczeń z osobami fizycznymi powstałymi z tytułu dochodzenia roszczeń regresowych za udzielone świadczenia opieki zdrowotnej lub wypłaconą refundację kosztów świadczenia opieki zdrowotnej, udzielonego w Rzeczypospolitej Polskiej lub w państwach członkowskich Unii Europejskiej (UE) albo Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA), rozliczone wcześniej ze świadczeniodawcą, apteką lub Centralą NFZ, odnoszono na zwiększenie (zmniejszenie) przychodów z regresów, niezależnie od tego, czy korekta dotyczyła bieżącego czy poprzednich lat obrotowych; przychody powyższe stanowiły przychody oddziału wojewódzkiego NFZ,

8) w przypadku, gdy proporcja, o której mowa w art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) nie przekroczyła 2% - uznawano, że proporcja ta wynosi 0%.