Poczynając od punktu granicznego nr 151, położonego w linii brzegu Zatoki Nowowarpieńskiej na odwodnej krawędzi betonowego nabrzeża skarpowego, w odległości 0,80 m na wschód od zachodniego końca nabrzeża, granica portu morskiego w Nowym Warpnie biegnie krawędzią nabrzeża, w kierunku zachodnim, do punktu granicznego nr 2109 położonego na zachodnim końcu nabrzeża, tu zmienia kierunek na południowo-zachodni i biegnie dalej granicami działek ewidencyjnych, przez punkt graniczny nr 2358 do punktu granicznego nr 2329. Opisany wyżej odcinek granicy portu jest równocześnie odcinkiem granicy pasa technicznego morskich wód wewnętrznych.

W punkcie granicznym nr 2329 granica portu odchyla się na południe i biegnie do punktu granicznego nr 51, w którym zmienia kierunek na południowo-wschodni, i biegnie granicami działek ewidencyjnych, w średniej odległości 17,5 m od krawędzi nabrzeża skarpowego, przez punkty graniczne nr 52 i 53 do punktu granicznego nr 54 położonego na zachodniej ścianie budynku gospodarczego.

Od punktu granicznego nr 54 granica portu obiega budynek od północy przez punkty graniczne nr 2211 i 2212 (narożniki budynku) do punktu granicznego nr 55 położonego przy wschodniej ścianie budynku. Z punktu granicznego nr 55 granica portu biegnie w kierunku południowo-wschodnim, przez punkt graniczny nr 56 do punktu granicznego nr 57 położonego w odległości 35,2 m od wschodniej granicy pasa drogowego ulicy Źródlanej. Tu zmienia kierunek na południowo-zachodni i dąży do punktu granicznego nr 248.

Z punktu granicznego nr 248 granica portu biegnie granicami nieruchomości prywatnych, wzdłuż ogrodzenia, w kierunku południowo-wschodnim, przez punkty graniczne nr 558, 562, 567 i 2210, przecina ulicę Źródlaną i dalej biegnie w kierunku południowo-wschodnim, granicami działek ewidencyjnych, przez punkty graniczne nr 573, 552, 579 i 586 do punktu granicznego nr 587 leżącego na południowo-zachodniej ścianie budynku magazynowego na terenie przystani rybackiej, przecina część szczytową budynku i dalej biegnie w kierunku południowo-wschodnim, granicami działek ewidencyjnych, przez punkty graniczne nr 609 i 613 do punktu granicznego nr 617.

Od punktu granicznego nr 617 granica portu biegnie granicami działek ewidencyjnych, w kierunku południowo-wschodnim, przez punkty graniczne nr 618, 622 i 623 do punktu granicznego nr 682 stanowiącego południowo-zachodni narożnik budynku gospodarczego wchodzącego w skład zabudowy przystani rybackiej i dalej południową granicą terenu przystani, przez punkty graniczne nr 638 (narożnik budynku), 2157, 683 i 648 do punktu granicznego nr 649 położonego na północnej granicy posesji przy ulicy Warszawskiej 51.

W punkcie granicznym nr 649 granica portu zmienia kierunek na północno-wschodni, dochodzi do punktu granicznego nr 650, tu zmienia kierunek na południowo-wschodni i biegnie granicą terenu przystani rybackiej, linią łamaną wzdłuż ogrodzenia, przez punkty graniczne nr 651, 652, 653 i 656 do punktu granicznego nr 2184 leżącego w zachodniej granicy pasa drogi dojazdowej, łączącej ulicę Warszawską z terenem przystani rybackiej, po zachodniej stronie bramy wjazdowej na teren przystani, przecina drogę i dochodzi do punktu granicznego nr 675 leżącego po wschodniej stronie bramy wjazdowej. W punkcie granicznym nr 675 granica portu zmienia kierunek na południowo-zachodni i biegnie granicą pasa drogowego do punktu granicznego nr 2186. Od punktu nr 2186 granica portu zmienia kierunek na południowy, dochodzi do punktu granicznego nr 2431, w którym zmienia kierunek na południowo-wschodni, i biegnie północną granicą pasa projektowanej drogi łączącej ulice Warszawską i Dworcową, przez punkty graniczne nr 2432, 2433, 2434, 2435, 2436, 2437, 2438, 2439, 2440 i 2441 do punktu granicznego nr 2442.

W punkcie granicznym nr 2442 granica zmienia kierunek na wschodni i dochodzi do punktu granicznego nr 2443, położonego w zachodniej granicy pasa drogowego ulicy Dworcowej.

Z punktu granicznego nr 2443 granica portu biegnie w kierunku północno-wschodnim, zachodnią granicą pasa drogowego ulicy Dworcowej, przez punkty graniczne nr 1442, 1508, 1412 i 1507 do punktu granicznego nr 2244 położonego w przecięciu zachodniej granicy pasa drogowego ulicy Dworcowej z południową granicą Morskiego Przejścia Granicznego w Nowym Warpnie.

W punkcie granicznym nr 2244 granica portu zmienia kierunek na południowo-wschodni, przecina ulicę Dworcową i biegnie granicami działek ewidencyjnych, wzdłuż ogrodzenia terenu przejścia granicznego, przez punkt graniczny nr 2243 do punktu granicznego nr 2242, w którym zmienia kierunek na północno-wschodni, i, biegnąc nadal wzdłuż ogrodzenia przez punkt graniczny nr 1510, dochodzi do punktu granicznego nr 1509 leżącego przy narożniku ogrodzenia, w odległości 12,0 m na południe od krawędzi nabrzeża odpraw granicznych.

W punkcie granicznym nr 1509 granica portu zmienia kierunek na południowo-wschodni i biegnie granicą Morskiego Przejścia Granicznego w Nowym Warpnie, wzdłuż ogrodzenia, do punktu granicznego nr 2241 przy bramie wjazdowej na teren przejścia i dalej, granicą działek ewidencyjnych, do punktu granicznego nr 1572, w którym zmienia kierunek na północny, i biegnie linią łamaną, przez punkt graniczny nr 58 do punktu granicznego nr 2072 leżącego w linii brzegu Zatoki Nowowarpieńskiej, w odległości 6,1 m na wschód od zakończenia nabrzeża betonowego leżącego w przedłużeniu nabrzeża odpraw granicznych. Odcinek granicy portu od punktu granicznego nr 58 do punktu granicznego nr 2072 jest równocześnie odcinkiem granicy pasa technicznego morskich wód wewnętrznych.